中醫(yī)基礎(chǔ)理論學(xué)科1981年獲批為碩士學(xué)位授權(quán)學(xué)科，是我校首批碩士學(xué)位授予點之一，1999年成為北京中醫(yī)藥大學(xué)博士研究生聯(lián)合培養(yǎng)點。2008年被評為安徽省重點學(xué)科，2009年被評為國家中醫(yī)藥管理局重點學(xué)科，為安徽省重中之重學(xué)科、博士學(xué)位授權(quán)建設(shè)學(xué)科中醫(yī)學(xué)一級學(xué)科的主干二級學(xué)科，安徽省首批博士后崗位學(xué)科，學(xué)科建設(shè)經(jīng)費達700余萬元。學(xué)科為省部共建新安醫(yī)學(xué)教育部重點實驗室及新安醫(yī)學(xué)省級高校科技創(chuàng)新團隊主干，擁有國家中醫(yī)藥科研三級實驗室――細胞與分子生物學(xué)（腦病）實驗室。2008年學(xué)科所在的中醫(yī)學(xué)專業(yè)成為第一批國家教育部特色專業(yè)，中醫(yī)基礎(chǔ)理論被遴選為省級精品課程，2009年中醫(yī)基礎(chǔ)理論學(xué)科教學(xué)團隊被遴選為國家級教學(xué)團隊，2010年中醫(yī)基礎(chǔ)理論被遴選為國家級精品課程。
學(xué)科先后承擔(dān)省教學(xué)研究項目5項，主編、副主編與參編國家級規(guī)劃教材及學(xué)術(shù)專著30余部，為國家級規(guī)劃教材《中醫(yī)基礎(chǔ)理論》、《內(nèi)經(jīng)選讀》主編與副主編單位，國家級研究生規(guī)劃教材《中醫(yī)基礎(chǔ)理論專論》副主編單位，獲全國中醫(yī)藥優(yōu)秀教材二等獎和優(yōu)秀圖書一等獎各1項、華東地區(qū)優(yōu)秀科技圖書一等獎1項，國家優(yōu)秀教學(xué)成果二等獎1項，在省級以上學(xué)術(shù)刊物上發(fā)表論文200余篇。承擔(dān)國家“973”計劃項目、國家自然科學(xué)基金項目等國家及省部級科研項目18項，科研經(jīng)費200余萬元，獲安徽省科學(xué)技術(shù)二等獎、中華中醫(yī)藥學(xué)會科學(xué)技術(shù)獎等3項，獲國家三類新藥批號1項、發(fā)明專利1項、科研成果轉(zhuǎn)讓1項，直接經(jīng)濟效益120萬元。
學(xué)科在探索中醫(yī)基礎(chǔ)理論認識規(guī)律的過程中，注重方法學(xué)的改進，注重培養(yǎng)復(fù)合型的高級中醫(yī)藥人才。在繼承名老中醫(yī)傳統(tǒng)經(jīng)驗的基礎(chǔ)上，運用現(xiàn)代實驗技術(shù)與方法研究中醫(yī)理論，主要圍繞中醫(yī)治則治法理論及其應(yīng)用、中醫(yī)藏象理論與實質(zhì)、中醫(yī)病因病機學(xué)說、中醫(yī)體質(zhì)學(xué)說、內(nèi)經(jīng)研究等方向開展一系列研究。首創(chuàng)多因素復(fù)合制作氣虛血瘀證局灶性腦缺血再灌注大鼠模型，首次系統(tǒng)提出缺血性中風(fēng)“氣虛血瘀”病機學(xué)說，提出“腎精-腦髓”相關(guān)理論，采用中醫(yī)治法、病證和方藥的不同角度互補研究，不同治法比較研究，首次開展了益氣活血法、補腎生髓法對腦缺血神經(jīng)細胞凋亡信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路影響較為系統(tǒng)的研究，對腦缺血后內(nèi)源性神經(jīng)干細胞和體外培養(yǎng)胚胎神經(jīng)干細胞缺氧誘導(dǎo)模型增殖分化及其信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑與調(diào)控影響的研究，查新表明相關(guān)研究內(nèi)容與研究方法在國內(nèi)處于領(lǐng)先水平，對該領(lǐng)域研究具有重要的借鑒價值。提出清熱解毒、益氣養(yǎng)陰是防治病毒性心肌炎的有效治法，鑒于化濕法在中醫(yī)臨床中特色地位，開展化濕法研究。在中醫(yī)藏象理論與實質(zhì)研究中，著重對中醫(yī)藏象學(xué)說進行深入探索挖掘，并注意運用現(xiàn)代科學(xué)的方法來揭示藏象本質(zhì)、內(nèi)在規(guī)律及將其指導(dǎo)臨床應(yīng)用，同時注意挖掘新安醫(yī)家對藏象學(xué)說的闡發(fā)和創(chuàng)新。運用文獻學(xué)、臨床流行病學(xué)及分子生物學(xué)方法對中醫(yī)體質(zhì)理論及其形成機制進行研究。學(xué)科重視從中醫(yī)基礎(chǔ)理論的發(fā)展源流中探討理論實質(zhì)，同時注重中醫(yī)傳統(tǒng)文化發(fā)掘與研究，使中醫(yī)學(xué)理論有一個堅實人文基礎(chǔ)，以利于引導(dǎo)其正確發(fā)展。

學(xué)位點已培養(yǎng)碩士研究生40余人，聯(lián)合培養(yǎng)博士研究生5人。學(xué)科擁有省學(xué)術(shù)與技術(shù)帶頭人后備人選1名、省高等學(xué)校中青年骨干教師2人、省級教壇新秀1人、安徽中醫(yī)學(xué)院中青年骨干教師1人，兩人破格晉升教授。目前學(xué)科擁有教授5人、副教授7人、高級實驗師1人、講師5人，其中博士4人，碩士5人，博士研究生導(dǎo)師1人，碩士研究生導(dǎo)師7人，已經(jīng)形成了年齡、職稱、學(xué)歷、學(xué)緣結(jié)構(gòu)較為合理的教學(xué)與科研梯隊。
主要研究方向：1.中醫(yī)治則治法理論與應(yīng)用基礎(chǔ)研究；2.中醫(yī)病因病機學(xué)說研究；3.中醫(yī)藏象理論與實質(zhì)研究；4.《內(nèi)經(jīng)》養(yǎng)生學(xué)說研究；5.新安醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)經(jīng)驗研究；6.中醫(yī)體質(zhì)的理論及實驗研究。