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截至2017年底，學(xué)校擁有博士后工作站1個，博士學(xué)位授權(quán)一級學(xué)科點2個，擁有碩士學(xué)位授權(quán)一級學(xué)科點6個，碩士學(xué)位授權(quán)二級學(xué)科點34個，省級示范性碩士點2個，專業(yè)學(xué)位碩士授予點2個；國家中醫(yī)藥管理局重點學(xué)科18個、江西省一級學(xué)科高水平學(xué)科與“十二五”重點學(xué)科5個。
博士后工作站：江中國家工程研究中心博士后工作站
博士學(xué)位授權(quán)一級學(xué)科點：中醫(yī)學(xué)、中藥學(xué)
碩士學(xué)位授權(quán)一級學(xué)科點：中醫(yī)學(xué)、中藥學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合、藥學(xué)、公共管理、計算機科學(xué)與技術(shù)
省級示范性碩士點：中醫(yī)學(xué)、中藥學(xué)
專業(yè)學(xué)位碩士授予點：臨床醫(yī)學(xué)、中藥學(xué)
江西省一流學(xué)科：中藥學(xué)、中醫(yī)學(xué)
江西省高校高水平學(xué)科：中醫(yī)學(xué)、中藥學(xué) 
江西省重點學(xué)科：藥學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合、公共管理
教學(xué)建設(shè)
截至2015年底，學(xué)校擁有國家級人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)1個，國家級高等學(xué)校實驗教學(xué)示范中心1個，國家級虛擬仿真實驗教學(xué)中心1個，國家級大學(xué)生校外實踐教育基地1個，國家級本科專業(yè)綜合改革試點1個，教育部高等學(xué)校特色專業(yè)建設(shè)點3個，國家級精品課程2門，國家雙語示范課程1門，兩項教學(xué)改革研究項目分別于2001年、2009年獲得教育部國家教學(xué)成果二等獎。2014年，學(xué)校劉紅寧教授牽頭主持的“新時期高等中醫(yī)藥院校‘基礎(chǔ)素質(zhì)’教育理論創(chuàng)新與‘雙惟模式’實踐”獲得國家級教學(xué)成果一等獎，率先在江西省高等院校中實現(xiàn)該獎項零的突破。 
國家級人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)：“產(chǎn)學(xué)研結(jié)合培養(yǎng)高素質(zhì)復(fù)合型中藥人才模式創(chuàng)新研究與實踐”人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)
國家級高等學(xué)校實驗教學(xué)示范中心：中藥學(xué)類實驗教學(xué)中心
國家級虛擬仿真實驗教學(xué)中心：中藥產(chǎn)業(yè)鏈關(guān)鍵環(huán)節(jié)虛擬仿真實驗教學(xué)中心
國家級大學(xué)生校外實踐教育基地：江西中醫(yī)藥大學(xué)—九江市中醫(yī)醫(yī)院臨床技能綜合培訓(xùn)中心 
國家級本科專業(yè)綜合改革試點：藥學(xué)
教育部高等學(xué)校特色專業(yè)建設(shè)點：中藥學(xué)、藥學(xué)、針灸推拿學(xué) 
國家精品課程：中藥炮制學(xué)、中醫(yī)診斷學(xué)
國家雙語示范課程：中醫(yī)診斷學(xué)示范課程