植物保護(hù)學(xué)科為一級學(xué)科，有農(nóng)業(yè)昆蟲與害蟲防治、植物病理和農(nóng)藥學(xué)三個二級學(xué)科。學(xué)科成立于2007年，是國家發(fā)改委“生物農(nóng)藥高效制備技術(shù)國家地方聯(lián)合工程實驗室”和浙江省“綠色農(nóng)藥”2011協(xié)同創(chuàng)新中心兩大科研平臺的支撐學(xué)科之一。學(xué)科現(xiàn)有教職工20人，其中教授3人，副教授9人，浙江省新世紀(jì)151人才第二層次1人，第三層次1人，浙江省科技特派員2人。特聘教授和青年拔尖人才各1人。

學(xué)科以服務(wù)浙江農(nóng)林業(yè)為目標(biāo)，開展農(nóng)林病蟲害預(yù)警和治理、農(nóng)藥毒理、抗藥性、病蟲害檢疫、農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全、有害生物功能基因發(fā)掘和利用等方面的應(yīng)用基礎(chǔ)及技術(shù)開發(fā)研究。目前主要集中于：①昆蟲毒理、抗性和昆蟲功能基因組，②農(nóng)林害蟲檢疫和綜合治理，③植物病害防控和殺菌劑抗性，④農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全分析等研究方向。近五年，學(xué)科共獲得省部級以上項目30項，各類橫向項目100余項，發(fā)表研究論文72篇，其中SCI收錄27篇，授權(quán)專利21項，出版專著教材6部，獲得浙江省科技進(jìn)步獎1項，浙江省林業(yè)廳科技興林二等獎1項。

在人才培養(yǎng)方面，植物保護(hù)學(xué)科始終以提高培養(yǎng)質(zhì)量，服務(wù)基層為導(dǎo)向，開展本科和研究生培養(yǎng)，并為植物保護(hù)、園藝（觀賞園藝）、農(nóng)學(xué)（種子科學(xué)與工程）等專業(yè)提供相關(guān)支持。同時，學(xué)科也注重對學(xué)生科學(xué)技能培養(yǎng)，獲得浙江省大學(xué)生生命科學(xué)競賽獎2項，浙江省第八屆“挑戰(zhàn)杯”美麗家大學(xué)生創(chuàng)業(yè)計劃大獎1項，第四屆浙江省大學(xué)職業(yè)生涯規(guī)劃大賽二等獎、三等獎各1項，浙江省大學(xué)生高等數(shù)學(xué)競賽二等獎1項，指導(dǎo)學(xué)生發(fā)表研究論文10余篇。學(xué)科教師積極進(jìn)行教學(xué)改革與教材編寫工作，目前獲得校級精品課程2門，出版面向二十一世紀(jì)教材2部，國家規(guī)劃教材2部，十二五規(guī)劃教材1部。

學(xué)科非常重視與地方企事業(yè)單位的交流合作，開展檢疫性有害生物、白蟻防治技術(shù)、植物病害等研究和教學(xué)培訓(xùn)。在全國植檢干部、浙江省森檢干部、浙江省出入境檢驗檢疫局干部培訓(xùn)班、全國白蟻防治中心等單位培訓(xùn)人員3000多人次。扶持和引導(dǎo)農(nóng)藥企業(yè)走科學(xué)、規(guī)范的發(fā)展道路，為保護(hù)生態(tài)環(huán)境、綠化浙江作出了貢獻(xiàn)。采用網(wǎng)絡(luò)渠道和現(xiàn)代化方式為浙江農(nóng)業(yè)和林業(yè)病蟲防治部門、植物檢疫部門和農(nóng)戶提供及時和有效的技術(shù)咨詢。同時，學(xué)科依托浙江農(nóng)林大學(xué)農(nóng)產(chǎn)品安全檢測中心，積極開展農(nóng)產(chǎn)品安全生產(chǎn)指導(dǎo)以及農(nóng)產(chǎn)品檢測服務(wù)。

學(xué)科注重國際交流與合作，學(xué)科教師積極出國訪學(xué)、參加國際國內(nèi)學(xué)術(shù)會議。近五年，先后有5位教師出國進(jìn)修訪問，同時也邀請包括美國北卡羅來納州立大學(xué)、加拿大大湖林業(yè)研究所、加拿大圭爾夫大學(xué)、中國農(nóng)科院、浙江大學(xué)等國內(nèi)外知名大學(xué)、研究所的教授來校進(jìn)行學(xué)術(shù)交流。