日語系與深圳大學(xué)這所特區(qū)窗口大學(xué)共同成長，1983年開始面向全校的日語教學(xué)，1995年正式建系，每年招收本科生40-50名。2012年設(shè)立碩士點，每年招收日語語言、文學(xué)文化、日語教育三個研究方向6-8名學(xué)生?，F(xiàn)有專任教師13名，其中有博士學(xué)位的教師10名。

本系實施“零起點”教學(xué)，采取“語言技能+專業(yè)方向”培養(yǎng)模式，注重“聽說讀寫”基本功的學(xué)習(xí)與訓(xùn)練，培養(yǎng)實用型人才。同時注重人文修養(yǎng)的熏陶，高年級輔助開設(shè)日語語言學(xué)基礎(chǔ)、日本文學(xué)文化概論、日本文學(xué)經(jīng)典選讀、日本歷史、日本哲學(xué)思想等專業(yè)課程，豐富學(xué)生的知識結(jié)構(gòu)，培養(yǎng)學(xué)生思考能力和學(xué)術(shù)研究意識。

本系與明治大學(xué)、立命館大學(xué)、大阪大學(xué)、神奈川大學(xué)、早稻田大學(xué)等多所日本名校建立了友好交流，每年派遣交換留學(xué)生公費或自費赴日留學(xué)，并與札幌大學(xué)合作建立了2+2雙學(xué)位雙校園培養(yǎng)項目，為學(xué)生提供多種留學(xué)深造途徑。

2016年6月本系成立外國語學(xué)院東亞研究中心。中心立足深圳，服務(wù)地區(qū)，放眼東亞與世界，運用文學(xué)、歷史學(xué)、哲學(xué)等人文社科研究方法，摸索東亞社會文化的總體特征，探尋其文化流動與發(fā)展的內(nèi)在文化機理，探索新時期東亞研究的新路徑。每年邀請海內(nèi)外知名學(xué)者和青年學(xué)人進行學(xué)術(shù)交流，建立廣泛的學(xué)術(shù)合作研究。