信息工程學(xué)院的創(chuàng)建始于1978年，在交通部的支持下, 上海海運(yùn)學(xué)院成立電子計算機(jī)計算技術(shù)專業(yè)籌建小組，于1979年正式成立電子計算機(jī)計算技術(shù)專業(yè)并招收第一屆本科學(xué)生；1985年成立計算機(jī)科學(xué)系，并招收第一屆計算機(jī)應(yīng)用碩士研究生；1990年計算機(jī)及應(yīng)用專業(yè)獲得計算機(jī)應(yīng)用工學(xué)碩士學(xué)位授予權(quán)，成為當(dāng)時交通部部屬高校中唯一的計算機(jī)專業(yè)碩士點(diǎn)，也是上海地區(qū)較早擁有計算機(jī)應(yīng)用碩士點(diǎn)的高校之一；1997年學(xué)校將計算機(jī)科學(xué)系、電子工程系、電氣工程系和機(jī)械工程系合并成立工學(xué)院；2003年，電子系和計算機(jī)系從工學(xué)院中分出，成立信息工程學(xué)院。
現(xiàn)有計算機(jī)科學(xué)與技術(shù)、信息管理與信息系統(tǒng)、網(wǎng)絡(luò)工程、電子信息工程、通信工程5個本科專業(yè)；信息管理與信息系統(tǒng)二級學(xué)科博士點(diǎn)；計算機(jī)科學(xué)與技術(shù)、軟件工程、信息與通信工程3個一級學(xué)科碩士點(diǎn)；計算機(jī)應(yīng)用技術(shù)、計算機(jī)軟件與理論、計算機(jī)系統(tǒng)結(jié)構(gòu)、信號與信息處理、通信與信息系統(tǒng)5個二級學(xué)術(shù)型碩士點(diǎn)；計算機(jī)技術(shù)、電子與通信工程、軟件工程3個專業(yè)型碩士點(diǎn)以及卓越工程師授予點(diǎn)。
學(xué)院主要科研方向：信息工程基本理論與方法, 高性能和智能海洋與航運(yùn)信息技術(shù)，海洋通信與網(wǎng)絡(luò)技術(shù)，海洋探測信息技術(shù)，生物信息技術(shù)及其在航運(yùn)和海洋學(xué)科方面的應(yīng)用和水下機(jī)器人技術(shù)及應(yīng)用等。先后承擔(dān)國家863計劃項(xiàng)目、國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目、國防預(yù)研、交通部和上海市自然科學(xué)基金等重大課題以及企業(yè)委托的科研課題，獲得可喜的研究成果。
學(xué)院現(xiàn)有教職員工136名，其中專任教師105名，含博士學(xué)位獲得者81名、教授16名、副教授38名、高工1名。現(xiàn)有本科生1780人，研究生314人。