學(xué)院始建于1958年，前身是內(nèi)蒙古農(nóng)牧學(xué)院農(nóng)田水利系，1990年更名為水利工程系，1999年農(nóng)林兩校合并更名為水利與土木建筑工程學(xué)院。學(xué)院下設(shè)水利工程系、資源環(huán)境系、土木工程系、測繪工程系等4個教學(xué)系和1個實驗教學(xué)中心（水利土木工程綜合實驗中心）。水利土木工程綜合實驗中心下設(shè)4個綜合實驗室，共21個功能實驗室。
學(xué)院現(xiàn)有教職工109人，其中教授30人，副教授30人，高級實驗師4人。有自治區(qū)級教學(xué)名師5人，自治區(qū)級教壇新秀3人，自治區(qū)杰出人才獎獲得者1人，新世紀“百千萬人才工程”國家級人選1人，教育部新世紀優(yōu)秀人才支持計劃1人，享受政府特殊津貼和自治區(qū)有突出貢獻的中青年專家11人，自治區(qū)培養(yǎng)“草原英才”二、三類人選5人。
學(xué)院現(xiàn)有農(nóng)業(yè)水利工程、水利水電工程、水文與水資源工程、環(huán)境工程、地質(zhì)工程、給排水科學(xué)與工程、土木工程、建筑學(xué)、工程造價和測繪工程共10個本科專業(yè)，2018年在校本科生2340人。其中，農(nóng)業(yè)水利工程專業(yè)為國家特色專業(yè)建設(shè)點，自治區(qū)重點建設(shè)專業(yè)、品牌專業(yè)，2014年通過教育部工程教育專業(yè)認證，并入選國家第一批卓越農(nóng)林人才教育培養(yǎng)“復(fù)合應(yīng)用型”農(nóng)林人才計劃項目試點專業(yè)；水文與水資源工程專業(yè)為國家特色專業(yè)建設(shè)點，自治區(qū)品牌專業(yè)，2009年通過教育部工程教育專業(yè)認證，2012年通過延期認證，2015年再次通過教育部工程教育專業(yè)認證。學(xué)院共有6個自治區(qū)品牌專業(yè)（農(nóng)業(yè)水利工程、水文與水資源工程、土木工程、給排水科學(xué)與工程、環(huán)境工程和測繪工程），9門自治區(qū)精品課程和4個自治區(qū)教學(xué)團隊。
學(xué)院各專業(yè)培養(yǎng)體現(xiàn)“厚基礎(chǔ)、寬領(lǐng)域”和“大眾化教育”的目標要求，針對學(xué)生生源的層次和對課程的不同需要，將課程平臺分級設(shè)置，旨在不斷建立和實施“大類培養(yǎng)融通化、基礎(chǔ)培養(yǎng)規(guī)格化、專業(yè)培養(yǎng)分流化、分級培養(yǎng)層次化、導(dǎo)向培養(yǎng)精英化”的人才培養(yǎng)模式。除建筑學(xué)、地質(zhì)工程、給排水科學(xué)與工程、測繪工程和工程造價等專業(yè)外，其它各專業(yè)學(xué)生，經(jīng)過一年的基礎(chǔ)教育，經(jīng)考核成績優(yōu)秀者，可自愿申請轉(zhuǎn)入農(nóng)業(yè)水利工程專業(yè)的“復(fù)合應(yīng)用型”卓越農(nóng)林人才教育培養(yǎng)計劃項目試點班單獨培養(yǎng)。同時，為培養(yǎng)適應(yīng)社會需求的復(fù)合型人才，鼓勵各專業(yè)學(xué)有余力的學(xué)生多方面發(fā)展，允許優(yōu)秀學(xué)生從第三學(xué)期開始選修攻讀主輔修、雙學(xué)位等專業(yè)課程。
學(xué)院現(xiàn)有農(nóng)業(yè)工程博士后科研流動站1個，農(nóng)業(yè)工程、水利工程一級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點2個，農(nóng)業(yè)水土工程、農(nóng)業(yè)水資源利用與保護、農(nóng)業(yè)水利工程和農(nóng)業(yè)生物環(huán)境與能源工程4個二級學(xué)科博士點；土木工程一級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點1個，農(nóng)業(yè)水土工程、水文學(xué)及水資源、水工結(jié)構(gòu)工程、水利水電工程、水力學(xué)及河流動力學(xué)、結(jié)構(gòu)工程、市政工程、水利測繪信息與技術(shù)、農(nóng)業(yè)水資源利用與保護、農(nóng)業(yè)水利工程和農(nóng)業(yè)生物環(huán)境與能源工程二級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點11個，有農(nóng)業(yè)工程、水利工程、建筑與土木工程領(lǐng)域3個專業(yè)學(xué)位碩士點?，F(xiàn)有碩士研究生148人，博士研究生39人，留學(xué)生（碩士）3人。農(nóng)業(yè)水土工程學(xué)科為國家重點（培育）學(xué)科，農(nóng)業(yè)水土工程和水文學(xué)及水資源學(xué)科為自治區(qū)重點學(xué)科，水工結(jié)構(gòu)工程學(xué)科為自治區(qū)重點（培育）學(xué)科；測繪信息實驗中心為自治區(qū)級實驗教學(xué)示范中心，水資源保護與利用實驗室為自治區(qū)重點實驗室；有1個教育部創(chuàng)新團隊，3個自治區(qū)“草原英才”創(chuàng)新團隊，1個科技部重點領(lǐng)域創(chuàng)新團隊，1個自治區(qū)工程技術(shù)研究中心。
2017年獲批國家自然科學(xué)基金11項，獲批自治區(qū)重大專項1項、自然科學(xué)基金5項、科技廳項目2 項、水利廳項目5項、農(nóng)業(yè)綜合開發(fā)項目2項，合計經(jīng)費1986萬元。承擔(dān)橫向課題14項，合同經(jīng)費754萬元。獲自治區(qū)科技進步二等獎1項，獲教育部科技進步一等獎1項。發(fā)表論文123篇，其中SCI 9篇，EI收錄12篇，中文核心期刊91篇，其中CSCD 81篇。獲專利4項。1個教育部創(chuàng)新團隊獲得教育部滾動支持。1人入選第三批國家萬人計劃科技創(chuàng)新領(lǐng)軍人才。學(xué)生獲國家級專業(yè)技能競賽一等獎2項、二等獎1項、三等獎2項，獲自治區(qū)級專業(yè)技能競賽特等獎3項、二等獎1項、優(yōu)秀獎1項。